Frente a la figura del José María Melo se ha desatado una amplia controversia entre algunos historiadores y el uso político de su legado. Para ellos, Melo era un hombre promedio, ni blanco ni indígena ni negro, medio lo uno y lo otro. El mestizaje puro. En cuanto a su origen económico, no era ni rico ni pobre y hacía parte de un exclusivo grupo de gente que, por los negocios familiares o suyos, se promocionó socialmente. A él, que fue un hombre estudioso, formado en debates políticos y literarios, contertulio de intelectuales importantes, para deslegitimar su corto gobierno, lo presentan como un militar a ultranza sin el mayor grado de civilidad. Algo que, sin mayores pruebas, sí le reconocen a sus opositores militares y políticos, y como relativa alternancia entre esos roles. También critican que su laicismo inherente a las ideas liberales que profesaba era de pacotilla y, sin ningún testimonio, le atribuyen una práctica de iglesia relevante.
